截至2016年4月，中国中医科学院下设17个科研单位（包括14个研究所），6家医疗机构，3家教育单位，2家分院，5家学术、出版单位，3家单位。
科研单位（研究所）：中药研究所、针灸研究所、中医基础理论研究所、中医药信息研究所、中国医史文献研究所、中医临床基础医学研究所、第1临床医药研究所、第二临床医药研究所、临床药理研究所、老年医学研究所、心血管病研究所、骨伤科研究所、眼科研究所
低价转让现有资源
北京****中医研究院
注册时间：2009年
注册地址：朝阳
注册资金：个人独资
经营范围：医学研究和试验发展;健康管理、咨询(须经审批的诊疗活动除外);教育咨询;经济贸易咨询;企业管理咨询;技术开发、技术推广、技术转让、技术咨询、技术服务;组织文化艺术交流活动(不含营业性演出);文艺创作;承办展览展示;货物进出口;代理进出口;技术进出口;设计、制作、代理、发布广告。
科研单位（研究中心）：医学实验中心、中药资源中心、中医药数据中心
医疗机构：西苑医院、广安门医院、望京医院、眼科医院、针灸医院、中医门诊部
教育单位：研究生院、中国中医科学院培训中心、北京国际针灸培训中心
分院：中国中医科学院江苏分院（江苏省中医药研究院）、中国中医科学院广东分院（广东省中医院）
学术、出版单位：中国中医科学院图书馆、中国医史博物馆、中国针灸博物馆、中医杂志社、中医古籍出版社
单位：世界针灸学会联合会、中国针灸学会、中国中西医结合学会
